上海教科实验中学构建了实施“全人教育”的课程图谱，其中母语类14%、数学和外语类各15%、自然科学类13%、社会科学类11%、艺术类7%、体育类9%、跨学科综合活动类16%。在落实国家课程的基础上，学校开发近40门学科探究类和30门艺体拓展类校本课程，从时间和内容上保证课程的全纳性质――面向全体学生，使所有学生有更多的机会接触并投入学习的持续发展过程；多样性的学习内容和学习体验促进学生身心的全面发展。
上海教科实验中学课程教学特色为夯实基础、英语特强、艺术特长、渗透国际教育元素。
夯实基础：注重对上海课程标准和中考考纲的研究及落实，注重学科体系的建构和发现问题、解决问题能力的培养，使学生基础扎实，数理见长，中考成绩优秀。
英语特强：整合使用牛津教材和原版朗文教材，增加外教课程；加强英语写作和演讲训练，凸显学生英语的实际运用能力；多人次获全国与上海市英语竞赛一、二等奖。
艺术特长：丰富多元的校本课程，引领学生体验、学习东西方各具特色的艺术表现形式，培养学生美术、音乐、戏剧、摄影等方面的艺术鉴赏力，表现力和创造力，提升其综合人文素养。
渗透国际教育元素：采用分层走班、小组合作等方式，提供满足个性化发展需求的教学；增设多种国际通行的外教课程，培养学生自主学习能力和国际理解能力。
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